Chương trình sử dụng 7 nút bấm để chơi cùng với các phím mũi tên, trong ý định tổ hợp 6 nút, gồm 3 dành cho đấm, 3 cho đá, và 1 nút bắt đầu.[1] Tuy nhiên, các nhân vật không nhất thiết phải dùng hết cả bảy nút bấm, cũng như không cần dùng theo dạng 6 nút hoặc 4 nút truyền thống. Trên hết, người chơi có thể điều khiển (chọn) 2 nhân vật, với nhân vật còn lại do AI máy điều khiển; gồm chế độ Xem dành toàn bộ quyền điều khiển tất cả nhân vật cho máy. Thêm vào đó, nhiều chế độ chơi khác có sẵn trên trình đơn của chương trình.[2]

Chế độ chơi chính là Arcade, nơi người chơi đấu với các nhân vật được chọn ngẫu nhiên trong các trò tương tự dùng mã để chọn thứ tự thi đấu. Có 3 chế độ chơi theo đội khác nhau: Đơn, Giả lập, và Theo lượt. Chế độ thứ tư, Tag, đã được liệt kê trong tập tin EXE cùng với 2 ngôn ngữ kịch bản dùng để điều khiển, nhưng đã không bao giờ được sử dụng. Ở chế độ chơi đội/nhóm, trợ thủ có thể được dùng ở bất cứ chế độ chơi nhóm nào. Đơn là chế độ không có đội (1 nhân vật), Giả lập cung cấp nhân vật trợ thủ do máy điều khiển và được giả lập để hỗ trợ người chơi với AI máy, còn Theo lượt sử dụng mỗi nhân vật khác nhau cho một hiệp đấu, có thể tùy chọn từ 2 - 4 nhân vật trong trận đấu. Nếu chọn, cột sinh mệnh của nhân vật sẽ tự hiệu chỉnh theo số lượng nhân vật được chọn (4 nhân vật thì trong từng hiệp mỗi nhân vật chỉ có 1/4 sinh mệnh). Nếu trong chế độ chơi nhóm 1 phe có 2 nhân vật phe kia chỉ có 1 thì phe 2 sẽ bị chia đôi sinh mệnh sao cho tổng sinh mệnh luôn ngang nhau, mỗi nhân vật trong nhóm 2 người sẽ chỉ có 1/2 cột sinh mệnh so với bình thường. Phiên bản tiền M.U.G.E.N dành cho Windows của engine này có chức năng điều chỉnh hoặc vô hiệu hóa thông qua tùy chọn màn hình hoặc tập tin cấu hình, nhưng tùy chọn này chưa được kích hoạt. Chế độ chơi đội Co-op tương tự như Giả lập, trừ việc 2 nhân vật do 2 người chơi thực điều khiển (không phải 1 người 1 máy như chế độ Giả lập).

Trong chế độ Sinh tồn, có một loạt bất tận các đối thủ chiến đấu lần lượt với người chơi. Mục tiêu là hạ gục càng nhiều đối thủ càng tốt, với kết thúc là khi đội của người chơi bị thua. Người chơi có thể chọn chế độ Đơn, Giả lập hay Theo lượt, tuy nhiên chế độ Đơn cho lượng sinh mệnh cao nhất vào hồi phục nhiều nhất sau mỗi ván thắng khi bắt đầu vào ván mới. Chế độ Sinh tồn được thêm vào cuối cùng trong chương trình này. Thế nên, nó không được cung cấp trong bất cứ phiên bản M.U.G.E.N cho DOS nào.